Утвърдени (стандартни) терапии с хемопоетични стволови клетки

Левкемии
Остра левкемия
Остра лимфобластна левкемия [МКБ C91.0] (Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL))
Остра миелоидна левкемия [МКБ C92.0] (Acute Myelogenous Leukemia (AML))
Остра бифенотипна левкемия (Acute Biphenotypic Leukemia)
Остра недиференцирана левкемия (Acute Undifferentiated Leukemia)
Хронична левкемия
Хронична миелоидна левкемия [МКБ C92.1] (Chronic Myelogenous Leukemia (CML))
Хронична лимфоцитна левкемия [МКБ C91.1] (Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL))
Ювенилна хронична миелоидна левкемия (Juvenile Chronic Myelogenous Leukemia (JCML))
Ювенилна миеломоноцитна левкемия (Juvenile Myelomonocytic Leukemia (JMML))
Миелодиспластичен синдром (пре-левкемия)
Рефрактерна анемия (с по-малко от 5% миелобласти) (Refractory Anemia (RA))
Рефракторна анемия с пръстеновидни сидеробласти (Сидеробластна анемия) (Refractory Anemia with Ringed Sideroblasts (RARS))
Рефракторна анемия с миелобласти между 5 и 20% (Refractory Anemia with Excess Blasts (RAEB))
Рефракторна анемия в трансформация с миелобласти между 20 и 30% (Refractory Anemia with Excess Blasts in Transformation (RAEB-T))
Хронична миеломоноцитна левкемия (Chronic Myelomonocytic Leukemia (CMML))

Лимфоми
Болест на Ходжчкин [МКБ C81] Hodgkin's Lymphoma
Не-Ходжкинов лимфом Non-Hodgkin's Lymphoma 
Тумор на Бъркит (Американски лимфом) [МКБ C83.7] (Burkitt's Lymphoma)

Наследствени аномалии на червените кръвни клетки
Бета таласемия майор (Болест на Кулей, Средиземноморска анемия) [МКБ D56.1] (Beta Thalassemia Major (also known as Cooley's Anemia))
Вродена еритробластопения (анемия на Blackfan-Diamond) [МКБ D61] (Blackfan-Diamond Anemia)
Чиста еритроцитна аплазия (еритробластопения) [МКБ D60] (Pure Red Cell Aplasia)
Сърповидноклетъчна анемия [МКБ D57] (Sickle Cell Disease)

Други заболявания на кръвните клетки

Анемии
Остра апластична анемия (Severe Aplastic Anemia)
Конгенитална дизеритропоетична анемия (Congenital Dyserythropoietic Anemia)
Наследствена апластична анемия (анемия на Fanconi) [МКБ D61.0] (Fanconi Anemia) (*Първата трансплантация на стволови клетки от кръв от пъпна връв през 1988 г. е за това заболяване.) 
Пароксизмална нощна хемоглобинурия (Paroxysmal Nocturnal Hemoglobinuria (PNH))
Чиста еритроцитна аплазия (Pure Red Cell Aplasia)

Наследствени аномалии на тромбоцитите
Амегакариоцитна тромбоцитопения (Amegakaryocytosis / Congenital Thrombocytopenia)
Тромбастения на Гланцман [МКБ C69.1] (Glanzmann Thrombasthenia)

Миелопролиферативни заболявания
Остра миелофиброза [МКБ C94.5] (Acute Myelofibrosis)
Агногенна миелоидна метаплазия (миелофиброза) (Agnogenic Myeloid Metaplasia (Myelofibrosis))
Полицитемия вера [МКБ D45] (Polycythemia Vera)
Есенциална тромбоцитемия [МКБ D47.3] (Essential Thrombocythemia)

Вродени заболявания на имунната система - ТКИД
Тежък комбиниран имунодефицит (ТКИД) [МКБ D81]
Дефицит на аденозиндезаминаза (SCID with Adenosine Deaminase Deficiency (ADA-SCID))
ТКИД с Х-свързано унаследяване (SCID which is X-linked)
ТКИД с липса на Т- и В- лимфоцити (SCID with absence of T & B Cells)
ТКИД с липса на Т клетки и нормални Б клетки (SCID with absence of T Cells, Normal B Cells)
Синдром на Omenn (Omenn Syndrome)

Наследствени заболявания на имунната система – Неутропении
Синдром на Костман (конгенитална неутропения) (Kostmann Syndrome)
Миелокахексия (ретенция на левкоцитите в костния мозък) (Myelokathexis)

Наследствени заболявания на имунната система – други
Атаксия-Телеангиектазия (Синдром на Louis-Bar) [МКБ G11.3] (Ataxia-Telangiectasia)
Дефицит на главния хистокомпатибилен комплекс клас II – Синдром на голите лимфоцити [МКБ D81.7] (Bare Lymphocyte Syndrome)
Обикновен променлив имунодефицит [МКБ D83] (Common Variable Immunodeficiency)
Синдром на Di George [МКБ D82.1] (DiGeorge Syndrome)
Дефицит на левкоцитната адхезия (Дефект на функционалния антиген-1 [LFA-1] на лимфоцитите) [МКБ D84.0] (Leukocyte Adhesion Deficiency)

Лимфопролиферативни заболявания (Lymphoproliferative Disorders (LPD))
Имунодефицит като резултат от наследствен дефект, предизвикан от вируса на Epstein-Barr (Х-свързан) [МКБ D82.3] (Lymphoproliferative Disorder, X-linked (also known as Epstein-Barr Virus Susceptibility))
Синдром на Wiskorr-Aldrich [МКБ D82.0] (Wiskott-Aldrich Syndrome)

Заболявания, свързани с фагоцитите
Синдром на Chediak-Higashi (Chediak-Higashi Syndrome)
Хронична грануломатозна болест (Chronic Granulomatous Disease)
Актин полимеризационни дефекти (Синдром на ленивия левкоцит) (Neutrophil Actin Deficiency)
Ретикулна дисгенезия [МКБ D81.0] (Reticular Dysgenesis)

Рак на костния мозък (Плазмоклетъчни заболявания)
Множествен миелом [МКБ C90.0] (Multiple Myeloma)
Плазмоклетъчна левкемия [МКБ C90.1] (Plasma Cell Leukemia)
Макроглобулинемия на Waldenstrom [МКБ C88.0] (Waldenstrom's Macroglobulinemia)

Солидни тумори (с произход различен от кръвотворната система)
Невробластом (Neuroblastoma)
Ретинобластом (Retinoblastoma)

Вродени заболявания на имунната система и други органи
Хрущялно нокътна хипоплазия (Cartilage-Hair Hypoplasia)
Конгенитална еритропоетична порфирия (Болест на Гюнтер) (Gunther's Disease (Erythropoietic Porphyria))
Синдром на Hermansky-Pudlak (Синдром на сивите тромбоцити) (Hermansky-Pudlak Syndrome)
Синдром на Pearson (Pearson's Syndrome)
Синдром на Schwachman (Shwachman-Diamond Syndrome)
Системна мастоцитоза (Systemic Mastocytosis)

Вродени метаболитни заболявания
Мукополизахаридози
Мукополизахаридози [МКБ e76.0] (Mucopolysaccharidoses (MPS))
Синдром на Hurler (Мукополизахаридоза тип I) [МКБ e76.0] (Hurler's Syndrome (MPS-IH))
Синдром на Scheie (Мукополизахаридоза тип I) [МКБ e76.0] (Scheie Syndrome (MPS-IS))
Синдром на Hunter (Мукополизахаридоза тип II) [МКБ E76.1] (Hunter's Syndrome (MPS-II))
Синдром на Sanfilippo (Мукополизахаридоза тип III) [МКБ e76.2] (Sanfilippo Syndrome (MPS-III))
Синдром на Morquio (Мукополизахаридоза тип IV) [МКБ e76.2] (Morquio Syndrome (MPS-IV))
Синдром на Maroteaux-Lamy (Мукополизахаридоза тип VI) [МКБ e76.2] (Maroteaux-Lamy Syndrome (MPS-VI))
Синдром на Sly, Недоимък на бета-глюкуронидаза (Мукополизахаридоза тип VII) [МКБ e76.2] (Sly Syndrome, Beta-Glucuronidase Deficiency (MPS-VII))
Муколипидоза II (I-клетъчна болест) [МКБ e77.0] (Mucolipidosis II (I-cell Disease))

Левкодистрофии
Адренолевкодистрофия (Addison-Schilder) [МКБ Е71.3] (Adrenoleukodystrophy (ALD)/Adrenomyeloneuropathy (AMN))
Болест на Krabbe [МКБ e75.2] (Krabbe Disease (Globoid Cell Leukodystrophy))
Метахроматична левкодистрофия [МКБ e75.2] (Metachromatic Leukodystrophy)
Болест на Pelizaeus-Merzbacher (Pelizaeus-Merzbacher Disease)

Лизозомни болести на натрупването (LSD)
Болест на Gaucher [МКБ E75.2] (Gaucher Disease)
Болест на Niemann-Pick [МКБ E75.2] (Niemann-Pick Disease)
Болест на Sandhoff [МКБ E75.0] (Sandhoff Disease)
Болест на Tay-Sachs [МКБ E75.0] (Tay-Sachs Disease)
Болест на Wolman [МКБ E75.5] (Wolman Disease)

Вродени заболявания – други
Синдром на Lesch-Nyhan [МКБ E79.1] (Lesch-Nyhan Syndrome)
Остеопетроза[МКБ Q78.2] (Osteopetrosis)

Терапии в клинични изпитвания с хемопоетични стволови клетки

Автоимунни заболявания
Болест на присадката срещу приемателя (GvHD) Graft-versus-Host Disease (GvHD)
Болест на Крон Crohn’s Disease
Диабет тип 1 (ювенилен диабет) Diabetes, Type I (Juvenile Diabetes)
Мултиплена склероза (Multiple Sclerosis)
Лупус (Lupus)

Сърдечносъдови заболявания
Инфаркт (Heart Attack)
Възстановяване на сърдечния мускул при различни състояния (Misc. Cardiac Repair)
Критична исхемия на крайниците (Critical Limb Ischemia)
Съдови присадки (предимно при вродени аномалии на сърцето) (Vascular Grafts)

Неврологични заболявания
Церебрална парализа (Cerebral Palsy)
Хипоксично-исхемична енцефалопатия (ХИЕ) Hypoxic Ischemic Encephalopathy (HIE)
Аутизъм (Autism)
Травматично увреждане на мозъка (Traumatic Brain Injury)
Инсулт (Stroke)
Увреждане на гръбначния мозък (Spinal Cord Injury SCI)
Увреждане на слуха (Hearing Loss)
Амиотрофна латерална склероза (АЛС) Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS)
Склеродерма (CREST синдром) (Scleroderma)
Болест на Алцхаймер (Alzheimer's Disease)
Дегенеративни състояния (Misc. Degenerative Conditions)

Стволовоклетъчна и генна терапия при наследствени заболявания (автоложни)
Церебрална адренолевкодистрофия (Cerebral Adrenoleukodistrophy)
Цистична фиброза (Cystic Fibrosis)
Анемия на Фанкони (Fanconi Anemia)
Тежък комбиниран имунодефицит (Severe Combined Immune Defficiency SCID)
Сърповидноклетъчна анемия (Sickle Cell Disease)
Таласемия (Thalassemia)
Синдром на Wiskott-Aldrich (Wiskott-Aldrich Syndrome)

Нови приложения
ХИВ (HIV

Екпериментални терапии с хемопоетични стволови клетки

Стволовоклетъчна и генна терапия за наследствени заболявания (автоложна)
Мускулна дистрофия тип Дюшен (Duchenne Muscular Dystrophy)

Неврологични заболявания
Болест на Алцхаймер (Alzheimer’s Disease)
Болест на Паркинсон (Parkinson’s Disease)

Регенеративна медицина
Сърце 
Черен дроб